La Microbiologia è una branca della Biologia che si occupa della struttura e della fisiologia dei microrganismi, cioè di tutti quegli organismi viventi unicellulari e pluricellulari non visibili ad occhio nudo ma con l'ausilio del microscopio: batteri, funghi e protozoi.
La microbiologia si occupa anche dello studio dei virus sebbene questi non siano classificati esseri viventi in quanto non capaci di vita autonoma: infatti i virus sono parassiti endocellulari obbligati poiché per potersi riprodurre hanno bisogno di una cellula vivente.
La Microbiologia Clinica studia quei microrganismi, definiti patogeni, capaci di avere significativi effetti sull'uomo, come batteri e virus agenti patogeni di malattie infettive.

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